Monastyr został ufundowany w 1106 przez króla Dawida IV Budowniczego (1089-1125). Legenda mówi, że król osobiście brał udział w budowie. Po śmierci został tam pochowany. Według tradycji, akceptowanej również przez część gruzińskich historyków, w sekretnym miejscu na terenie klasztoru została później również pochowana zmarła w 1213 r. królowa Gruzji Tamara.
Przez długi czas monastyr był jednym z głównych kulturalnych i intelektualnych ośrodków w Gruzji. Znajdowała się w nim akademia, która skupiała gruzińskich naukowców, teologów i filozofów. Część z nich działała wcześniej w innych prawosławnych monasterach poza granicami (n.p. w Konstantynopolu), m.in. Petritsi i Arsen Ikaltoeli. Z powodu rozległej działalności Akademii Gelati, współcześni jej ludzie nazywali ją „nowa Grecja” lub „drugie Athos”. Do naszych czasów w monastyrze przetrwały freski i manuskrypty pochodzące z XII–XVII w. W 1994 Monastyr Gelati został, razem z katedrą Bagrati w Kutaisi, wpisany na Listę światowego dziedzictwa UNESCO.
